Servicio

Biología Molecular y Bioinformática

El servicio de Biología Molecular y Bioinformática permite la aplicación de técnicas de biología molecular basadas en el análisis del contenido de ADN y / o ARN, las secuencias de nucleótidos y las modificaciones epigenéticas de organismos marinos, para analizar su identidad, actividad y roles en el ecosistema marino, así como la función de sus genes en procesos biológicos clave. Este servicio da soporte y formación a estudiantes e investigadores del ICM o visitantes externos que deseen utilizar algunas de estas técnicas aplicadas a sus muestras. El funcionamiento se basa en el autoservicio. El responsable del servicio es el encargado de garantizar el soporte técnico necesario durante el procesamiento de las muestras.

En términos de bioinformática, la instalación permite a los usuarios analizar datos ómicos (metagenómica, metatranscriptómica, metabarcoding, etc.) en un clúster de computación de alto rendimiento. Dependiendo de sus necesidades, los usuarios reciben cuotas de almacenamiento, cálculo y uso de RAM. Los parámetros anteriores son monitoreados para registrar el uso que hacen de la infraestructura, el cual se factura de manera regular. El servicio gestiona usuarios, grupos de usuarios y sus permisos asociados e instala y gestiona software de terceros y bases de datos biológicas. Además, se proporciona una copia de seguridad de los datos del usuario, aunque el usuario sigue siendo responsable de mantener una copia de seguridad ex situ. La plataforma también puede administrar o supervisar la transmisión de macrodatos desde su origen al clúster de computación, verificar su integridad y almacenarlos. Previa solicitud, la plataforma asesora a los usuarios sobre el análisis general de datos de secuenciación y extracción de ADN / ARN, conversión de bisulfito para análisis de metilación de DNA, preparación de bibliotecas, control de calidad y limpieza de secuencias, ensamblaje y anotación de genomas y metagenomas, y análisis de diversidad microbiana de muestras ambientales, entre otros. La plataforma asesora a los usuarios sobre cómo cargar y almacenar datos en repositorios públicos, como ENA o NCBI, y ofrece una formación básica en entornos informáticos UNIX, así como en diversas aplicaciones de biología computacional. También desarrolla pequeñas piezas de software personalizado y flujos de trabajo de bioinformática. La plataforma aconseja además sobre el desarrollo de planes de gestión de datos (DMPs por sus siglas en inglés) que se adhieren a los lineamientos “FAIR”, tal como es requerido por la normativa Europea y Española sobre “Ciencia Abierta”.

Equipo y recursos técnicos

El equipo del servicio de Biología Molecular incluye:

  • Cuatro máquinas de PCR
  • Sistemas de electroforesis
  • Sistema de geles PFGE (CHEF DR-II, Biorad)
  • Equipo de captación de imágenes de geles y programario para su análisis (iBright CL 1500, Invitrogen)
  • Equipo de PCR cuantitativa (Cfx, Biorad)
  • Analizador de biomoléculas (QSep100, Bio Optic)
  • Fluorómetro (Qubit Q32857, Invitrogen) y espectrofotómetro de microgota UV-Vis (NanoDrop One,Thermo Scientific) para medidas de cantidad y calidad de ácidos nucleicos y proteínas
  • También dispone del equipamiento general necesario para el desarrollo de los diferentes protocolos, como centrifugadoras, horno de hibridación, baño calefactor, incubadora térmica, desecador con bomba de vacío, campanas de flujo laminar, microondas, vórtex y placa calefactora y agitadora.

El equipo para análisis bioinformáticos consiste en:

  • Cluster de computación de Alto Rendimiento (HPC). Un nodo master/login (servidor Fujitsu Primergy RX2530 M2) y 22 nodos de cálculo de alto rendimiento con un total de 396 núcleos físicos y 4.6 T de RAM (10 x Supermicro, 12 x IBM iDataPlex). Cuenta con 830 T de almacenamiento en un sistema de ficheros en paralelo y distribuido.
  • 3  estaciones de trabajo DELL: Servidores DELL PowerEdge T710 con 2 procesadores Intel Xeon de 4 núcleos (E5620), 16-60 G de RAM y un disco duro de 2T.

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