Servei

Biologia Molecular i Bioinformàtica

El servei de Biologia Molecular i Bioinformàtica permet l'aplicació de tècniques de biologia molecular basades en l'anàlisi del contingut d'ADN i / o ARN, la seqüència de nucleòtids i les modificacions epigenètiques d'organismes marins, per analitzar la seva identitat, activitat i el seu rol en l'ecosistema marí, així com la funció dels seus gens implicats en processos biològics clau. Aquest servei dóna suport i formació a estudiants i investigadors de l'ICM o visitants externs que desitgin utilitzar algunes d'aquestes tècniques aplicades a les seves mostres. El funcionament es basa en l'autoservei. El responsable del servei és l'encarregat de garantir el suport tècnic necessari durant el processament de les mostres.

En termes de bioinformàtica, la instal·lació permet als usuaris analitzar dades òmiques (metagenòmica, metatranscriptòmica, metabarcoding, etc.) en un clúster de computació d'alt rendiment. Depenent de les seves necessitats, els usuaris reben quotes d'emmagatzematge, càlcul i ús de RAM. Els paràmetres anteriors són monitorats per a registrar l'ús que es fa de la infraestructura, el qual es factura de manera regular. El servei gestiona usuaris, grups d'usuaris i els seus permisos associats i instal·la i gestiona programari de tercers i bases de dades biològiques. A més, es proporciona una còpia de seguretat de les dades de l'usuari, encara que l'usuari continua sent responsable de mantenir una còpia de seguretat ex situ. La plataforma també pot administrar o supervisar la transmissió de macrodades des del seu origen al cluster de computació, verificar la seva integritat i emmagatzemar-les. Prèvia sol·licitud, la plataforma assessora els usuaris sobre l'anàlisi general de dades de seqüenciació i extracció d'ADN / ARN, conversió de bisulfit per anàlisi de metilació de DNA, preparació de biblioteques, control de qualitat i neteja de seqüències, assemblatge i anotació de genomes i metagenomes, i anàlisis de diversitat microbiana de mostres ambientals, entre altres. La plataforma assessora els usuaris sobre com carregar i emmagatzemar dades en repositoris públics, com ENA o NCBI, i ofereix una formació bàsica en entorns informàtics UNIX, així com en diverses aplicacions de biologia computacional. També desenvolupa petites peces de programari personalitzat i fluxos de treball de bioinformàtica.

Equip i recursos tècnics

L'equip del servei de Biologia Molecular inclou:

  • Quatre màquines de PCR
  • Sistemes d'electroforesis
  • Sistema de gels PFGE (CHEF DR-II, Biorad)
  • Equip de captació d'imatges de gels i programari per al seu análisis (iBright CL 1500, Invitrogen)
  • Equip PCR quantitativa (Cfx, Biorad)
  • Analitzador de biomolècules (QSep100, Bio Optic)
  • Fluoròmetre (Qubit Q32857, Invitrogen) i espectrofotòmetre de microgota UV-Vis (NanoDrop One,Thermo Scientific) per fer mesures de la quantitat i qualitat dels àcids nucleics i proteïnes
  • També disposa d'altres equips generals necessaris per al desenvolupament dels diferents protocols, com centrifugadores, forn d'hibridació, bany calefactor, incubadora tèrmica, dessecador amb bomba de buit, campanes de flux laminar, microones, vòrtex i placa calefactora i agitadora.

L'equipament per anàlisi Bioinformàtic consisteix en:

  • Clúster de computació d'Alt Rendiment (HPC). Un node màster/login (servidor Fujitsu Primergy RX2530 M2) i 22 nodes de càlcul d'alt rendiment amb un total de 396 nuclis físics i 4.6 T de RAM (10 x Supermicro, 12 x IBM iDataPlex). Compta amb 830 T d'emmagatzematge en un sistema de fitxers en paral·lel i distribuït.
  • 3  estacions de treball DELL: Servidors DELL PowerEdge T710 amb 2 processadors Intel Xeon de 4 nuclis (E5620), 16-60 G de RAM i un disc dur de 2T.

WEB DE LA PLATAFORMA BIOINFORMÀTICA MARBITS