Servei

Bioinformàtica Marina

El servei de bioinformàtica marina permet als usuaris analitzar dades òmiques (metagenòmica, metatranscriptòmica, metabarcoding, etc.) en un clúster de computació d'alt rendiment.  MARBITS és la plataforma del servei. Té un total de 396 nuclis informàtics (CPU; 792 amb hyperthreading), 4.6T de RAM i 830 T d’emmagatzematge compartit. Depenent de les seves necessitats, els usuaris reben quotes d'emmagatzematge, càlcul i ús de RAM. Els paràmetres anteriors són monitorats per a registrar l'ús que es fa de la infraestructura, el qual es factura de manera regular.

El servei té un tècnic en bioinformàtica que treballa com a administrador de sistemes i realitza sessions de formació per als usuaris. A més, gestiona usuaris, grups d'usuaris i els seus permisos associats. Instal·la i gestiona programari de tercers i bases de dades biològiques, i proporciona una còpia de seguretat de les dades de l'usuari. Encara que l'usuari continua sent responsable de mantenir una còpia de seguretat ex situ.

També ajuda als usuaris a carregar i emmagatzemar dades en repositoris públics, com ENA o NCBI, i ofereix una formació bàsica en entorns informàtics UNIX, així com en diverses aplicacions de biologia computacional. El servei també desenvolupa petites peces de programari personalitzat i fluxos de treball de bioinformàtica. A més, dóna suport en la realització de plans de gestió de dades (DMPs per les seves sigles en anglès) per tal que compleixin els requisits “FAIR” de la normativa Europea i Espanyola sobre “Ciència Oberta”

El servei es utilitzat per una àmplia comunitat científica, més de 40 investigadors de diferents països.

MARBITS

Equip i recursos tècnics
  • Clúster de computació d'Alt Rendiment (HPC). Un node màster/login (servidor Fujitsu Primergy RX2530 M2) i 22 nodes de càlcul d'alt rendiment amb un total de 396 nuclis físics i 4.6 T de RAM (10 x Supermicro, 12 x IBM iDataPlex). Compta amb 830 T d'emmagatzematge en un sistema de fitxers en paral·lel i distribuït.
  • 3 estacions de treball DELL: Servidors DELL PowerEdge T710 amb 2 processadors Intel Xeon de 4 nuclis (E5620), 16-60 G de RAM i un disc dur de 2T.