Les activitats de l'ICM s'estructuren al voltant de tres pilars: estratègia científica, serveis de suport científic i comunicació i divulgació. La feina de cada pilar es realitza en un comitè específic dirigit per un dels subdirectors de l'ICM.
Comitès, oficines i comissions
Organització
Defineix i implementa una estratègia científica institucional dirigida a millorar les capacitats de recerca de centre, creant així la massa crítica necessària per a participar en convocatòries altament competitives. El comitè es reuneix regularment, almenys un cop al mes, per debatre i desenvolupar recomanacions estratègiques, actuant com a òrgan consultiu de l'equip de Direcció en tots els temes relacionats amb la investigació. El grup està format per dos investigadors de cada departament que actuen sota la coordinació del subdirector d'investigació.
Personal: Belén Alonso, Elisa Berdalet, Marta Coll, Josep-Maria Gasol, Silvia González-Acinas, Jordi Isern-Fontanet, Cèlia Marrasé, Albert Palanques, Francesc Piferrer, Valentí Sallarès, Antonio Turiel, Roger Villanueva.

Estructura i adapta els serveis de centre al seu pla estratègic tenint en compte les necessitats dels grups de recerca i fent-los atractius per a les organitzacions públiques i privades. Internament, l'objectiu és actualitzar la cartera de serveis integrant-los dins d'una estructura eficient i amb webs clares i informatives. Aquest comitè està coordinat per la subdirecció corresponent i inclou personal tècnic de tots els serveis i representants dels quatre departaments.
Personal: Joaquim Ballabrera, Elisa Berdalet, Gemma Ercilla, Jorge Guillén, Cèlia Marrasé, Paloma Martín, Francesc Peters, Guiomar Rotllant, Marco Talone.

Aquest comitè dissenya les estratègies de centre per promoure la cultura oceànica, arribant a públics locals i internacionals. Això inclou, entre altres tasques, explicar les conseqüències dels impactes antropogènics sobre els oceans i respondre a les demandes de difusió i comunicació dels resultats dels projectes d'investigació. Aquest comitè també promou projectes educatius cap a estudiants de primària i secundària. El comitè està organitzat pel subdirector de Marine Science Literacy, amb la participació de membres del personal voluntari i el personal que treballa a l'oficina de divulgació i comunicació.
Personal: Vanessa Balagué, David Casas, Anabel Colmenero, Josep Maria Gili, Sonia Liñan, Paula Lopez, Macarena Marambio, Elena Martinez Batalla, Sara Mohamed, Jaume Piera, Cristina Romera-Castillo, Montse Sala, Janire Salazar, Carine Simon, María Vicioso, Magda Vila.
